Výzkumné infrastruktury pomáhají urychlit zmapování kolektivní imunity vůči koronaviru

7. května 2020. Členové výzkumných infrastruktur e-INFRA CZ a ELIXIR CZ, sdružení CESNET a Centrum CERIT-SC Masarykovy univerzity, zareagovali na aktuální potřebu výpočetní techniky v infrastruktuře EATRIS-CZ, která je lokalizovaná v Ústavu molekulární a translační medicíny Lékařské fakulty Univerzity Palackého v Olomouci (ÚMTM) a patří mezi přední akademická pracoviště zapojená do laboratorního testování na nemoc covid-19. ÚMTM a EATRIS-CZ vytvořily několik softwarových aplikací na podporu laboratorní diagnostiky a také klinického hodnocení komunitní imunity proti koronaviru SARS-CoV-2 způsobujícího nemoc covid-19.

CESNET a CERIT-SC zajistily rychlé dodání výkonné výpočetní techniky od společnosti M Computers, poskytly potřebné know-how a dále spolupracují na zajištění výpočetní a úložné infrastruktury pro zpracování dat z měření kolektivní imunity.

Firma M Computers obstarala a dlouhodobě zapůjčila špičkové technické vybavení pro sběr, ukládání a zpřístupnění dat v reálném čase ze všech testujících nemocnic i laboratoří. Zajistila také propojení s odběrovými místy tak, aby celý proces probíhal bez zbytečných prodlev. Odborníci z CESNET a CERIT-SC pomohli s konfigurací poskytnutého hardwaru a zapojují se do průběžné optimalizace celého systému.

„Oslovila nás výzva docenta Mariána Hajdúcha, ředitele Ústavu molekulární a translační medicíny, o pomoc s výpočetní technikou, se kterou se prostřednictvím médií obrátil na vědecké a výzkumné instituce,“ říká prof. RNDr. Luděk Matyska, CSc., ředitel Centra CERIT-SC a Ústavu výpočetní techniky Masarykovy univerzity. 

„Naším cílem bylo pomoci co nejdříve zprovoznit a dále optimalizovat systém sběru a zpracování výsledků testů, který vyvíjejí odborníci z Univerzity Palackého v Olomouci,“ vysvětluje Ing. Jan Gruntorád, CSc., ředitel sdružení CESNET. 

„Tato podpora uspíšila nasazení systému pro sběr dat a zpracování výsledků studie kolektivní imunity SARS-CoV-2, a současně zrychlí přípravu na tzv. chytrou karanténu v České republice,“ doplňuje doc. MUDr. Marián Hajdúch, Ph.D., ředitel Ústavu molekulární a translační medicíny.

Výzkumná infrastruktura e-INFRA CZ se snaží přispět k co nejlepšímu zvládnutí pandemie i dalšími aktivitami. Státní správě i akademické a vědecké obci nabízí potřebnou odbornou součinnost při realizaci přijatých opatření. Další informace je možné nalézt na: https://vyzkumne-infrastruktury.cz/2020/03/e-infra-cz-covid-19/.

Sdružení CESNET bylo založeno v roce 1996 vysokými školami a Akademií věd ČR. Zabývá se výzkumem a vývojem informačních a komunikačních technologií, buduje a rozvíjí národní e-infrastrukturu CESNET určenou pro výzkum a vzdělávání. Díky svým výzkumným aktivitám a dosaženým výsledkům reprezentuje Českou republiku v důležitých mezinárodních projektech, zejména v budování panevropské sítě GÉANT či gridových projektech (EGI.eu), a podílí se aktivně na jejich realizaci. Sdružení pracuje i na využití vysokorychlostních sítí pro sdílení multimediálních dat, a to jak synchronně formou videokonferencí a sdílených aplikací, tak asynchronně formou streamingu.

Více na: www.cesnet.cz

Centrum CERIT-SC (CERIT Scientific Cloud) je národním centrem provozujícím výpočetní a úložnou infrastrukturu pro realizaci rozsáhlých experimentů „in-silico“ zpravidla v úzké spolupráci s dalšími vědními obory. Orientuje se na experimentální a inovativní využití svých zdrojů a staví na třech vzájemně propojených pilířích: poskytování výpočetních a úložných kapacit vědecké komunitě, excelentním výzkumu ve vybraných oblastech informatiky a dlouhodobé spolupráci s uživatelskými skupinami z mnoha oborů.

Více na: www.cerit-sc.cz

EATRIS-CZ patří mezi nejrozsáhlejší distribuované výzkumné infrastruktury v ČR, jsou do ní zapojena nejvýznamnější centra biomedicínského výzkumu a vývoje. EATRIS-CZ poskytuje excelentní výzkumnou infrastrukturu a expertízu v rámci celého translačního hodnotového řetězce. Prostřednictvím pěti navzájem propojených platforem umožňuje EATRIS-CZ dosáhnout ve vývoji léčiv, vakcín a diagnostik až k úrovním tzv. „prvního podání u člověka“ nebo klinickému ověření typu „proof-of-concept“. EATRIS-CZ zpřístupňuje své kapacity pro provádění multidisciplinárního výzkumu a vývoje v oblasti klíčových technologií (genomika, proteomika, metabolomika, vysokokapacitní testování, kompletní vývoj léčiv, molekulární zobrazování a radiofarmaka, časné ověřovací klinické studie a regulační expertíza). 

ELIXIR CZ je velká výzkumná infrastruktura v oblasti věd o živé přírody zaměřená na biologická data, jejich zpracování, uchovávání, sdílení a analýzu. Je založena na expertní části zajišťované unikátním know-how špičkových odborníků z oblasti bioinformatiky, genomiky, biologie, medicíny, informatiky a počítačového inženýrství a na technické části spočívající v heterogenním souboru hardware a software prostředků a specifických architektur podle povahy zpracovávaných dat. Toto unikátní technické řešení je naplňováno především přímým zapojením e-infrastruktur zodpovědných za pokročilá IT řešení, budování datových úložišť, přístup k datům a výpočetním kapacitám.